Nejpodstatnější část při léčbě zeleného zákalu tvoří aplikace medikamentů v podobě kapek. Těch existuje celá řada a fungují na dvou principech. Léčiva pojmenovaná miotika vyvolávají tzv. miózu, neboli zúžení zornice. Tím se zvětší komorový úhel, což vede k zlepšení odtoku tekutiny. Druhou skupinu tvoří kapky určené k potlačení tvorby nitrooční tekutiny. Kapky je nutné užívat pravidelně dle stanovení lékaře, aby došlo k normalizaci tlaku a zastavilo se tak další poškozování očního nervu. Užívání kapek sebou může nést některé vedlejší účinky, mezi něž se řadí zvýšená pravděpodobnost rozvinutí šedého zákalu.
Druhým pilířem léčby je využití laseru. Podle druhu glaukomu poté mluvíme o trabekuloplastice (LTP) a iridotomii (LI). Trabekuloplastika využívá argonového laseru k fotokoagulaci trabekulárního tkaniva. Tím se dosáhne přibližně u 75% pacientů do 4 až 6 týdnů k zlepšení průchodnosti a tedy i snížení nitroočního tlaku. Nevýhodou tohoto řešení je především přechodný efekt, kdy během několika let dochází k opětovnému zúžení. Z tohoto důvodu je poslední dobou mnohem častěji využíváno spíše tzv. selektivní laserové trabekuloplastiky (SLT), jenž pomocí krátkých pulzů zasahuje jen výrazně pigmentované buňky, čímž není narušena celá síťovina trámcoviny. Mnohem šetrnější zásah tak umožňuje zákrok dle potřeby opakovat. Iridotomie se užívá u akutních potíží zapříčiněných uzavřeným úhlem. Dalším obtížím se při ní předchází proděravěním duhovky. Ošetření laserem se provádí ambulantně.
K operačnímu zákroku, tzv. trabekulektomii se přistupuje jen v případě, že dva předchozí způsoby léčby jsou neúčinné nebo přijde-li se na zelený zákal až ve velmi pokročilé formě. Před zákrokem se oko znecitliví injekci do jeho blízkosti a po výplachu dezinfekcí se použije na víčka speciální rozvěrač. Zákrok se provádí pod mikroskopem a trvá 15 až 30 minut. Chirurg při ní těsně nad rohovkou oddělí jednotlivé vrstvy oka a vytvoří v nich odvodový kanálek. Po zákroku je běžně nutná několikadenní hospitalizace.